- 空间分布函数（spatial distribution function, SDF）在分子动力学中被用来描述粒子周围环境三维空间的分布情况。在GROMACS中提供了一个gmx spatial的工具来进行计算，其输出文件为Gaussian98 cube 格式，本文简述如何生成cube文件并通过VMD进行绘制SDF。
- 1. 请务必确认理解所选择的计算内容，凡是在结果交付后，另外补加的要求或者提出和原要求不符的其他计算内容，需另外评估是否收费。
2. 请务必提供自己确准的体系结构文件，结果交付后，不接受因为结构提供错误提出的更改模型的售后要求。
3. 请务必确认信息提供准确且没有遗漏，信息尽量提供全面，如果在计算开始以后，又增加信息，视情况协商对原方案的影响以及收费情况。
4. 对于软件版权问题，需要自己解决，如果需要我方解决，请提前沟通说明，我们尽量解决，但不必须确保解决，不接受因此不付款的理由。
5. 最后结果交付内容包括：计算方法（不是计算结果的分析）的说明，最终的结构文件，某些涉及作图所需的数据。除以上内容之外，有其他要求，请提前说明。交付结果后，另外提出的要求，我们会尽量协助解决，但不保证一定能解决。
6. 我们保证计算结果的真实性和有效性，但是无法保证计算结果一定符合您的预期，请务必确认该风险。
7. 我们不承担拒稿责任哦，但是我们会尽量协助解决审稿意见的问题，涉及需要补算的内容，需要另评估收费。
8. 交付结果后，请在一周内反馈结果问题。长时间不查看结果，结果问题反馈时间距离交付结果时间太久的，我们视情况进行问题的解答（因为源数据不一定还有保留，所以一定要及时反馈哦）。
9. 再次提醒：有不懂的可以多交流，但是交付结果后，请不要以“我不懂计算”为理由，提出不对应原方案的另外的要求，我们最终交付结果均以方案为核对参考。
- 分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
适合的研究方向包括但不限于：生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境等
可以计算的体系包括但不限于：生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子等
常用软件：gromacs，lammps，amber等
可以计算的内容包括但不限于：
蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等
分子对接，如蛋白质-小分子，核酸-小分子，小分子-小分子，蛋白-蛋白，蛋白-多肽，蛋白-核酸等
生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等
动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析，材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质，粗粒化模拟等
动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等
药物相关内容，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等
分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟是一套分子模拟方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
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- 样品要求：结构明确
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2023-02-17
