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虚拟筛选
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设备简介
  • 计算内容:虚拟筛选

 

  • 基于药物设计理论,借助计算机的技术和专业应用软件,模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用,快速地从上百万分子中挑选出具有潜力的先导化合物。目前作为一种经典且高效的方法,广泛应用于药物研发中,大大缩短研究周期和研发成本。
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  • 1. 请务必确认理解所选择的计算内容,凡是在结果交付后,另外补加的要求或者提出和原要求不符的其他计算内容,需另外评估是否收费。 
    2. 请务必提供自己确准的体系结构文件,结果交付后,不接受因为结构提供错误提出的更改模型的售后要求。 
    3. 请务必确认信息提供准确且没有遗漏,信息尽量提供全面,如果在计算开始以后,又增加信息,视情况协商对原方案的影响以及收费情况。 
    4. 对于软件版权问题,需要自己解决,如果需要我方解决,请提前沟通说明,我们尽量解决,但不必须确保解决,不接受因此不付款的理由。 
    5. 最后结果交付内容包括:计算方法(不是计算结果的分析)的说明,最终的结构文件,某些涉及作图所需的数据。除以上内容之外,有其他要求,请提前说明。交付结果后,另外提出的要求,我们会尽量协助解决,但不保证一定能解决。 
    6. 我们保证计算结果的真实性和有效性,但是无法保证计算结果一定符合您的预期,请务必确认该风险。 
    7. 我们不承担拒稿责任哦,但是我们会尽量协助解决审稿意见的问题,涉及需要补算的内容,需要另评估收费。 
    8. 交付结果后,请在一周内反馈结果问题。长时间不查看结果,结果问题反馈时间距离交付结果时间太久的,我们视情况进行问题的解答(因为源数据不一定还有保留,所以一定要及时反馈哦)。 
    9. 再次提醒:有不懂的可以多交流,但是交付结果后,请不要以“我不懂计算”为理由,提出不对应原方案的另外的要求,我们最终交付结果均以方案为核对参考。 
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  • 分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
    适合的研究方向包括但不限于:生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境等
    可以计算的体系包括但不限于:生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子等
    常用软件:gromacs,lammps,amber等
    可以计算的内容包括但不限于:
    蛋白三维模型搭建,如同源建模、从头建模等
    分子对接,如蛋白质-小分子,核酸-小分子,小分子-小分子,蛋白-蛋白,蛋白-多肽,蛋白-核酸等
    生物三维结构分析,如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等
    动力学研究,如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析,材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质,粗粒化模拟等
    动力学后数据分析,如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等
    药物相关内容,如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等
    分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。
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  • 样品要求:结构明确 
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